میکلسن در جشنواره فیلم کن ۲۰۱۶
میکلسن در ۲۲ نوامبر ۱۹۶۵ در محلهٔ اوستربرو در کپنهاگ دانمارک زاده شد. مادرش «بنته کریستیانسن» و پدرش «هنینگ میکلسن» یک رانندهٔ تاکسی بود. او و برادر بزرگترش لارس میکلسن در محلهٔ نوربرو بزرگ شدند.
در نوجوانی، او آموزشهای ژیمناستیک دید و میخواست در سطح قهرمانی در این ورزش فعالیت کند، اما سپس به تحصیل در رشتهٔ هنری رقص در «آکادمی باله» در یوتبری پرداخت و در همین هنگام بود که زبان سوئدی را نیز بهخوبی فرا گرفت. در همین کلاسهای رقص او با هانه یاکوبسن آشنا شد و در سال ۲۰۰۰ با هم ازدواج کردند. وی به مدت یک دهه یک هنرمند حرفهای رقص بود تا آنکه بهمنظور یادگیری هنر بازیگری، رقص را رها کرد و در سال ۱۹۹۶ به «مدرسهٔ تئاتر و نمایش آرهوس» واقع در شهر آرهوس رفت و حرفهٔ بازیگریاش از اینجا شروع شد.